金乡卫城是在太史令刘基的军卫法背景下兴建的，依据军卫法，可以知道卫城的建制。
    关于军卫法，《明史•兵志》是这样总述的：
    “洪武元年(1368)，以太史令刘基奏，立军卫法。大率以五千六百人为卫，一千一百二十八人为千户所，一百一十二人为百户。设总旗一人，小旗十人，管理铃柬通以指挥使事。
    “天下初定，度要害地系一郡设所，连郡者设卫。”
    依据这个军卫法，当时的金舟乡，倭患频繁，属于要害之地，并且地处浙闽交界处，必须连郡设卫。所以在洪武二十年(1387)设置了金乡卫。金乡卫隶属于浙江都司。自卫指挥以下，其它官衔都实行世袭制，连军士也是父死子继，成为一代的定制。相对于行政制度而言，金乡卫相当于一个郡。
金乡卫下辖蒲门、壮士、沙园三个所，具体官员设置和军队情况是

    金乡卫设置指挥使六员(正三品)，指挥同知六员(从三品)，指挥佥事六员(正四品)，镇抚三员(从五品)，经历一员(从七品)，知事一员(正八品)。
    蒲门千户所和壮士千户所官员设置及军队情况，见下编。
    在沙园千户所设置正千户一员，副千户一员，百户十员，镇抚二员等大小官员十三员，旗军一千二百五十名。
    这些士兵的来源有这么几种途径，一种是从征的，一种是归附的，还有一种则是流放，发配的。还有就是民间征调的戍卒，一般是一户人家有四个壮丁的，就得抽调一个。
    士兵的来源途径不同，他们的地位也不同。朱元璋亲信将领汤和、吴祯等指挥下的从征士兵的地位最高，住在卫城内，属于“卫族”。归附的降卒比俘虏地位高。最下等的是流放、发配的囚徒。而民间征调的戍卒，则是属于预备役一类的士兵，主要是补充名额的不足。
    金乡卫营寨烽堠遍布。有庙背寨，屿门寨，肥艚寨，大奥寨，炎亭寨，大溲寨，小漤寨，石塘寨，石砰寨，大渔婪寨，小渔婪寨。半塘堠，尖山堠，白崎堠，马迹堠，凤凰堠，猫头堠，上垟堠，毕湾堠，东冈堠，岭门堠，东山堠，蒙湾堠，蓝头堠，肥艚门堠，奠山堠。其中近海的有东冈堠，蓝头堠，有隘的有岭门堠。
    蒲门所壮士所寨堠设置见下编。
    沙园所有陡门寨、仙口寨、眉石北寨、眉石南寨、眉头台、冷水堠、宋步堠、仙口堠、烽火堠。
    军卫法还采取“将士屯田”的措施，用以保证军需。“将士屯田”制规定：“依卫所所在地，每卫拨军屯垦，且有一定比例。每军给屯田一份，官给牛具种子，保证一份屯田籽粒。”“诸将宜督军士及时开垦，以收地利。庶几民食充足，国有所赖。”军屯的另一个目的，明成祖朱棣说：“若只教那些穷乏的老百姓供给安全的军士，那百姓就转见艰难，军士转见骄惰了。倘或百姓自己也供给不全，军士也只得坐受饥饿了，两下都不便当。”
    金乡卫原额屯田九千九百三十八亩五分二厘，园四十三亩，坐落本卫附近及平阳、泰顺(泰顺明初属平阳)。此外还有两县坐民承粮屯田。按军屯制规定，屯田每亩缴屯粮，军士屯田每亩上缴二斗强，坐民承粮屯田每亩上缴一斗。这样一来，年屯粮总收入二千三百五十一石四斗一升五合，虽然远远不能维持官兵需求，但可以维持卫城五千官兵一个月口粮，也部分减轻了军费开支，而且使军士不骄惰。从这些方面看，屯田制的好处是明显的。
    金乡卫的建制在建城三年后，又增设了“巡检司”，主要是针对倭寇海上行动的特点，方便进行海上游哨的目的。“洪武二十三年(1 390)，诏滨海卫所每百户置船三艘，巡逻海贼”(《明实录》)。当时的金乡卫，按五千六百人为“卫”，一百十二人为“百户”计算，应是五十个“百户”，有船一百五十艘了。到了洪武二十六年(1398)，已经分别设置了龟峰、肥艚、江口、仙口四处巡检司，每处设弓兵一百名。这样，金乡卫的巡捡弓兵，也达到四百名。
    到了嘉靖甲寅、乙卯(1554—1 555)的时候，因为倭患越加频繁，沿海各个卫所相去颇远，接应和合击都比较困难，于是，“浙江设有四参六总，使联络策应，以固海防”(《明史稿•兵志》)。隶于“温处参将”的“金盘把总”，是浙江省六总之一，先驻盘石、黄华，后移瑞安，最后移驻金乡。
    “万历隆庆间(1567—1572)，金盘备倭把总，统水兵五支，驻扎金乡，游哨飞云、江口、镇下等关”(乾隆《平阳县志》)。“金盘把总守港者，寨凡五。守海岸者二十有二。守海外者，自大岩头、山海岛、玉环山、霓岙、南龙山、南麂、凤凰，山岙阔大，J临海深，外海别无海岛。自明国初以来，倭俱假此栖泊，实巢穴也”(《群书备参》)。
    《温州府志》写到了那时候的建制情况是：“金盘把总部领哨官二员，船四十八只，兵一千二百二十五名。汛期屯泊南麂洋，为镇下关、江口外藩。南与福建烽火门，北与本参中营各兵会哨。”《筹海新编》还详细分述了金盘把总所属江口哨、镇下关哨、珠明营名色把总、左营名色把总、中营名色把总、前营名色把总、炎亭营名色把总的官员、部领哨官和士兵设置，而且分别叙述屯扎地点和专御范围。
    如此一来，卫城在陆地上统辖千户所南至马站，北至瑞安直至乐清。在海域上，驻于卫城的金盘把总，管辖的范围南自镇下关交于闽海，北至盘石、黄华与温处参将中营所辖相接，海外包括玉环山、南麂岛。陆地和海上的管辖范围都十分广袤。使金乡卫无可置疑的成为陆上、海上的抗倭指挥重镇。